V našich podmienkach nie sú choroby až tak závažný problém ako v oblastiach ich komerčného pestovania. V našich podmienkach sa najčastejšie vyskytujú rôzne hubové ochorenia, proti ktorým bojujeme použitím vhodných fungicídnych prípravkov. Veľmi často sa hlavne začínajúci pestovatelia môžu stretnúť s rôznymi fyziologickými poruchami spôsobených nevhodnými pestovateľskými metódami, ktoré si však netreba mýliť s poškodením citrusov škodcami, prípadne chorobami. Nakoniec niekoľko najzávažnejších chorôb citrusov, ktoré spôsobujú veľké problémy hlavne v komerčných pestovateľských oblastiach:

Tristéza

Je to veľmi dôležitý, patogén citrusov spôsobujúci veľké hospodárske škody v produkčných oblastiach. Je to vírus, z ktorého mnohé kmene sú rôzne nákazlivé. Kvôli tomuto ochoreniu poklesol počet stromov v Argentíne, Austrálii, Brazílii, Izrael, Španielsku, Južnej Afrike, USA a ďalších krajinách o milióny. Infikuje veľa druhov a odrôd citrusov. V citrusových oblastiach, kde boli sladké pomaranče, grepy a mandarínky štepené na bigarádie pestovatelia boli nútený k výmene podpníkov kvôli veľkej citlivosti bigarádií na toto ochorenie. Prejavy ochorenia sú rôzne, môže to byť nekróza na kmeni, chlorotické listy a mnoho ďalších prejavov tohto ochorenia. Prenáša sa štepením a ešte o môžu prenášať niektoré druhy vošiek.

Exocortis

Toto ochorenie sa vyskytuje v rôznych krajinách. Príčinou tohto ochorenia je viroid. Toto ochorenie sa vyskytuje na rastlinách zaštepených na poncirus trifoliáte, rangpure, ale aj citrumele. Prejavom býva olupovanie kôry a následný trpasličí vzrast, deformované listy, ale aj iné príznaky líšiace sa od rozsahu nákazy a druhu podpníka. Prenáša sa štepením, ale aj použitím nástrojov pri rezaní citrusov.

Stubborn

ochorenie je spôsobené, Spiroplasma citri, systémovým prokaryotickým organizmom (menšie než bežné baktérie, ale väčšie ako vírusy. Toto ochorenie je rozšírené v horúcom a vlhkom prostredí. Infekcie sú zriedka smrteľné. Medzi najcitlivejšie druhy citrusov patria: pomaranč, grep, mandarínka a hybridy mandarínky (zdroj: Garnsey a Gumpf, 1988). Pôvodca môže tiež infikovať iné ako citrusové rastliny. Infikované stromy bývajú zakrpatené a vetvy majú skrátené internódia a listy bývajú chlorotické. Plody sú často deformované a malé.

Hubové choroby

u nás asi najväčší problémom sú hubové ochorenia citrusov. Citrusy u nás bývajú napádané rôznymi hubovými chorobami. Hlavne ak citrusy zimujeme vo vlhkom prostredí musíme byť opatrný a citrusy pravidelne kontrolovať a pri prejave nejakého hubového ochorenia rastliny ošetriť. Na ochranu používame rôzne fungicídne prípravky.
Citrusy trpia radou ďalších chorôb s rôznymi príčinami, avšak ako už bolo spomenuté výskyt u nás nie je významný.