Úlohou substrátu v nádobách je vytvoriť vo veľmi obmedzenom priestore vhodné prostredie pre príjem vody, živín a vzduchu koreňmi pestovaných rastlín. Názory aký substrát použiť sa líšia a každý skúsený citrusár má svoj vlastný overený substrát. Vo všeobecnosti je vhodný ľahký, vzdušný a výživný substrát, s mierne kyslou pH reakciou. Staršie citrusy znesú aj ťažšie substráty. Na trhu existuje viacero značiek špecializovaných substrátov pre citrusy, ale tie nie sú vždy sú ideálne. Samozrejme na pestovanie sa dajú použiť a predstavujú najjednoduchšiu alternatívu. Ak však máme chuť vhodný substrát si môžeme namiešať sami. Na odľahčenie použijeme perlit, môžeme použiť aj substrát z kokosového vlákna, ktorý je výhodný aj tým, že zadržiava vodu, ale pritom korienky nestoja vo vode. Ďalej pridáme rašeliny a poslednou zložkou by mal byť výživný záhradnícky substrát, prípadne zemina zo záhrady. Nezabúdame aj na výživu pridaním humusu, prípadne môžeme použiť nejaké zásobné hnojivo s postupným uvoľňovaním živín. Pomer v akom jednotlivé zložky namiešame nemusí byť presný.